לימודי ארץ ישראל לתואר שני חוקרים את המרחב הישראלי לאורך הדורות, על ההתרחשויות השונות שאירעו בו לאורך השונים. לימודי ארץ ישראל חוקרים את העמים אשר פעלו בישראל, וכיצד פעולתם של אלה השפיעה על החברה, הכלכלה, התרבות והתיישבות לאורך השנים.
תחום לימודי ארץ ישראל לתואר שני חוקר את הקשר בין הארץ לתושביה, וכיצד המאפיינים הנופיים משפיעים על תולדותיה של הארץ. לימודי ארץ ישראל מהווים לימודים אזוריים, כלומר מתמקדים באזור גיאוגרפי מסוים וחוקרים אותו בפירוט רב. בדרך זו נקנית הבנה והכרה מעמיקים עם הכוחות והגורמים שהשפיעו על ארץ ישראל לאורך השנים, דבר המאפשר לנתח ולהתמודד סוגיות בנות ימינו בראי העבר.
מסלול תואר שני בלימודי ארץ ישראל מקנה ידע והיכרות נרחבים בתחומי אנתרופולוגיה, גיאוגרפיה היסטורית והיסטוריה. בנוסף לכך, לימודי תואר שני מאפשרים לשפר ולהרחיב את הכלים האקדמיים העומדים לרשות הסטודנט, ובכך מכשירים אותו למחקר עצמאי בנושא ארץ ישראל ומדינת ישראל. לימודי התחום אינם מיועדים רק לבוגרי תואר ראשון בלימודי ארץ ישראל, אך סטודנטים בעלי תואר ראשון בתחומים אחרים יידרשו לשיעורי השלמה בהתאם למסלול התמחותם הספציפי לפני שיוכלו לגשת אל לימודי התואר השני בתחום.
לימודי ארץ ישראל לתואר שני מוצעים כיום במספר רב של מוסדות אקדמיים ברחבי הארץ, ובדרך כלל הם אורכים כשנתיים. סטודנטים רבים בוחרים להוסיף ללימודי ארץ ישראל גם לימודי תעודת הוראה, המקנים מקצוע מבוקש לאחר סיום הלימודים. מומלץ לבדוק טרם ההרשמה את איכות סגל ההוראה ורמת הלימודים, וכן מיקום גיאוגרפי ונגישות של מוסד הלימודים, וכמובן שכר הלימוד ואפשרויות המלגות השונות המוצעות לסטודנטים.
כמו בלימודי כל תואר שני, גם בלימודי ארץ ישראל לתואר שני ניתן לבחור בין לימודי מסלול מחקרי או מסלול יישומי. המסלול המחקרי כולל עבודת תזה, ומאפשר לימודי המשך לתואר שלישי, ואילו המסלול היישומי אינו כולל עבודת תזה ולא ניתן להמשיך ממנו ללימודי תואר שלישי. ניתן לשלב את לימודי ארץ ישראל לתואר שני עם לימודי תחומים נוספים, דוגמת היסטוריה, גיאוגרפיה או סוציולוגיה.
מאפיין ייחודי ללימודי ארץ ישראל, לתואר ראשון ושני גם יחד, הם הסיורים הלימודיים ברחבי הארץ. חלק בלתי נפרד מלימודי התחום הוא סיורים המשותפים לסגל ולסטודנטים, המאפשרים היכרות בלתי אמצעית עם הארץ ונופיה. על כל סטודנט להשתתף בעשרה ימי סיור לפחות, למקומות מרתקים כמו ירושלים, בית שאן, מרחביה, מחנה המעפילים בעתלית, ניצנה, יום המלח, חיפה, הנגב, הגליל והגולן.
תוכנית לימודי ארץ ישראל לתואר שני היא עשירה ומגוונת, וכוללת קורסים בנושאים מרתקים דוגמת נוכחות גרמניה בארץ ישראל בשנים 1850-1950, שנות האופוריה של החברה הישראלית וצה"ל בין מלחמת ששת הימים למלחמת יום כיפור, צליינות לממלכת ירושלים הצלבנית, הגניזה הקהירית כמקור לחקר החברה הימי ביניימית באגן הים התיכון, המרד הגדול, פרקים במלאכת ההיסטוריון, יחס החברה הישראלית לשואה בעשור הראשון, ומנחם בגין כראש ממשלה.
עם סיום תואר שני בלימודי ארץ ישראל, ניתן להשתלב כחוקרים במגזר הציבורי או הפרטי, בגופים דוגמת קק"ל, החברה להגנת הטבע או משרד הגנת הסביבה. אפשרות נוספת היא לימודי תואר נוסף בתחום, דוגמת לימודי תואר שני בהיסטוריה, גיאוגרפיה, סוציולוגיה או מנהל עסקים. בכל תחום לימודים, לימודי התואר השני ייזקפו לזכות הסטודנט ויקצרו את משך הזמן הדרוש ללימודי תואר נוסף.